根据《中华人民共和国水法》第六十九条规定，未经批准擅自取水的，由县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构依据职权，责令停止违法行为，限期采取补救措施，处二万元以上十万元以下的罚款。因此，对未经批准擅自取水的企业，水行政主管部门应依法予以行政处罚，责令其停止违法行为，补缴水资源税（费），依法补办取水许可有关手续。补缴水资源税（费）从其违法行为发生之日起，按照取水口所在地水资源税（费）征收标准和实际取水量计征。对实际取水量无法计量的，根据《取水许可和水资源费征收管理条例》第五十三条有关规定确定。