对于自来水公司超许可取水，应责令取水单位停止违法行为，并依据《中华人民共和国水法》第六十九条规定进行处罚，情节严重的，依法吊销取水许可证。有关水行政主管部门应当加强对超许可取水的取水单位或个人的监管，查明超许可取水的原因，对自来水公司由于漏损损失水量大、不按规定条件取水等原因造成的超许可取水，应当督促自来水公司整改并加强节水，严格将取用水控制在取水许可水量范围内；对由于供水范围扩大、供水人口增加等客观原因确需增加取水的，自来水公司应依法重新申请取水许可。