根据《行政处罚法》第三十六条规定，违法行为在两年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。由于原A煤矿2017年后一直停产，因此，如其未经批准擅自取水的行为未造成上述后果的，不再给予行政处罚，但须按照《取水许可和水资源费征收管理条例》，补缴其生产期间的水资源费。对于B煤矿，取水审批机关应按照《中华人民共和国水法》第六十九条的规定，责令企业停止违法取水行为，并进行处罚和追缴水资源费。对于兼并重组后的煤矿项目，应重新办理取水许可申请，取得取水许可证后方可取水。