国家防汛抗旱总指挥部办公室设在水利部，其主要职能是：组织全国防汛抗旱工作，承办国家防汛抗旱总指挥部的日常工作；按照国家防汛抗旱总指挥部的指示，统一调控和调度全国水利、水电设施的水量。

　　为有效的组织、开展全国的防汛抗旱工作，各级政府都设立了防汛抗旱指挥机构。作为国务院议事协调机构之一，国务院设立了以国务院副总理为总指挥的国家防汛抗旱总指挥部。省（市、自治区）、地（市、自治州）、县（市）各级政府也设立了防汛抗旱指挥部，负责辖区的防汛抗旱工作。为统一协调长江、黄河的防汛调度，成立了由流域所在省（市、自治区）参加的长江中下游防汛总指挥部、黄河防汛总指挥部。在其他流域管理机构设立了防汛办公室，协调流域内防汛工作。国务院有关部、委、局也设立防汛机构，负责本行业防汛工作，完成国家防汛抗旱总指挥部赋予的防汛职责。

　　国家防汛抗旱总指挥部办公室是国家防汛抗旱总指挥部的办事机构。根据国务院"三定"方案，国家防汛抗旱总指挥部办公室设在水利部，主要职能是：组织全国防汛抗旱工作，承办国家防汛抗旱总指挥部的日常工作；按照国家防汛抗旱总指挥部的指示，统一调控和调度全国水利、水电设施的水量。

　　国家防汛抗旱总指挥部办公室下设七个处：综合处、江河调度处、水库调度和城市防洪处、减灾处、技术处、抗旱处、应急供水调度处。

　　1. 综合处承办国家防汛抗旱总指挥部会议，协调组织各处的业务及办公室后勤管理。

　　2. 江河调度处负责监视全国工情、汛情变化，组织制定、修订大江大河洪水调度方案，为国家防汛抗旱总指挥部江河水量调度决策提出参谋意见，并负责监督实施。

　　3. 水库调度和城市防洪处负责监视全国水库工程的变化情况及全国城市防洪规划、建设管理，为国家防汛抗旱总指挥部水库调度运用提出参谋意见，并负责监督实施。

　　4. 减灾处负责统计全国洪涝灾害，承担国家防汛物资的储备、调拨，安排中央特大防汛经费。

　　5. 技术处负责组织研究、推广抗旱抢险技术及有关对外技术合作。

　　6. 抗旱处负责监视全国旱情变化，推广抗旱技术，安排中央抗旱经费。